В это время к югу от Юрюзани, в Оренбургских степях назревали грозные события. Донской казак Емельян Пугачев, используя слух о чудесном спасении царя, объявил себя Петром III и поднял народ на восстание против дворян.

18 сентября 1773 года, выступив с тремя сотнями казаков, Пугачев захватил Яицкий городок и двинулся к Оренбургу. По деревням и заводам полетела молва о царских манифестах, в которых мужицкий царь жаловал крестьян “крестом и бородою, рекой и землею, травами и морями и хлебным провиантом, свинцом и порохом и вечною вольностью”.

Одна за другой сдавались восставшим крепости. Со всех сторон шли к Пугачеву крестьяне и заводские мастеровые. Поднялись башкиры, выдвинувшие своего национального героя и полководца Салавата Юлаева.

Посланный на помощь генералу Кару двухтысячный отряд башкир по призыву Салавата перешел на сторону восставших и влился в крестьянскую армию, осаждавшую Оренбург.Салават призывал башкир к объединению с русским народом и совместной борьбе против помещиков и заводчиков. В своем обращении к башкирскому народу он писал:” Против русских у нас нет злобы. Нам, башкирам и русским, не следует вести споры и разорять друг друга”. Выступление башкир явилось составной частью крестьянской войны, первым совместным выступлением трудовых масс башкирского народа с русским крестьянством против феодально- крепостнического строя.

В ноябре 1773 года башкирские отряды под предводительством Салавата и его отца Юлая заняли Юрюзанский завод. Завод был остановлен и бездействовал около трех лет. Мастеровые побросали работу, и часть их тут же ушла на юг в армию Пугачева.

Восстание шло для крестьян с переменным успехом. Победы сменялись поражениями. Окруженный со всех сторон войсками генерала Бибикова, Пугачев был вынужден снять осаду Оренбурга и отступить вглубь Башкирии. Своей резеденцией он избрал Белорецкий завод.

В начале мая 1774 года из Белорецка он двинулся с пятитысячным войском на крепость Магнитную, а затем с подоспевшими к нему соратниками- дальше на север. Появление Пугачева в горной Башкирии усилило народное волнение. Царские генералы доносили, что к самозванцу присовокупились великое число башкиров, кои с великой радостью толпу его умножили”. Но значительными были силы и правительственных войск. В неравных и жестоких боях таяли пугачевские отряды. За самим Пугачевым шел по пятам Михельсон.

После встречи Пугачева с отрядами Салавата Михельсон напал на них обоих. Этот бой окончился поражением восставших. Через несколько дней Пугачев вновь набрал около пяти тысяч человек , но 3 июня 1774 года у Кигов произошло генеральное сражение, в котором народный предводитель потерял большую часть своей армии.

После ухода главных Пугачевских сил на север восставшие башкиры, стараясь не дать возможность правительственным войскам Екатерины закрепиться в Башкирии, в мае 1774 года разрушили Твердышевские заводы. Твердышев доносил в берг-коллегию:”Заводы не только разорены, но и фабрики, вешняки и в плотинах слань, магазейны, пильные и все заводское строение до основания пожжены”.(дело берг-коллегии №1339).

В числе разрушенных оказались белорецкий, Юрюзанский, Усть-катавский и Симский заводы. Меньше пострадал КАТАВ –Ивановский завод, где до средины ноября 1774 года находился башкирский штаб.

Не смотря на отчаянное сопротивление восставших крестьянская война шла на убыль. Потерпев 25 августа в 100 верстах от царицына последнее поражение, Пугачев был схвачен предетелями и был выдан царским властям. 24 ноября в Каратавлинском лесу был схвачен и Салават Юлаев. Восстание было подавлено.

Оправившись от смертельного страха, помещики начали подсчет причененных убытков.

От Твердышева в берг-коллегию поступило донесение о том, что на Юрюзанском заводе «совсем развалились три печи и три горна», убытки от разрушения завода составили 63.504 рубля. Убито и умерло мужчин 266, женщин 85, не выплавлено чугуна 356 тысяч пудов (дело №1339, 1775 года).

Юрюзанский завод, как и другие твердышевские предприятия, предстовлял собой картину полного запустения. Все крестьяне сбежали в кунгурский уезд. Водворить бежавших обратно и вновь заставить работать оказалось нелегким делом.

Пермское горное начальство весной 1775 года рапортовало берт-коллегии, сто твердышевский приказчик всех крестьян, зимовавшиъх в Кунгурском уезде, «не оставляя ни одного человека имеет вывести на прежнее их хозяйство». Для содействия этому пермское начальство предписало, старостам и десятским, сотникам повсюду выявлять заводских людей до 15 марта выслать их с семьями в Красноуфимскую крепость к агенту Твердышева. Было объявлено, что с укрывающимися будет поступлено как с беглыми.

К лету 1775 на Юрюзанский завод и на соседние заводы возвратилась большая часть крестьян, и начались реставрационные работы. В конце года начал работу Катавский завод, а 15 ноября 1776 Юрюзанский.